A FERTAGUS é, assim, o primeiro operador privado a assegurar a gestão e exploração comercial de uma linha ferroviária em Portugal, mediante o pagamento à IP - Infraestruturas de Portugal de uma taxa pela utilização das infraestruturas, sendo também a primeira vez que este mecanismo foi introduzido no sistema ferroviário português.
No âmbito do contrato de concessão, a empresa assegura a exploração da ligação ferroviária, a segurança, manutenção dos comboios e de algumas das estações da Margem Sul (do Pragal a Penalva), sendo também responsável pela venda de títulos de transporte de Eixo Ferroviário Norte/Sul, assim como pelo recrutamento, formação e gestão de toda a equipa que opera nos comboios e nas estações.
A FERTAGUS serve atualmente 14 estações numa extensão de linha com cerca de 54 km . Dez na Margem Sul: Setúbal, Palmela, Venda do Alcaide, Pinhal Novo, Penalva, Coina, Fogueteiro, Foros de Amora, Corroios e Pragal, e quatro na Margem Norte: Campolide, Sete Rios, Entrecampos e Roma-Areeiro. O tempo total de percurso entre Setúbal e Roma-Areeiro é de 57 minutos. As estações do Sul geridas pela Fertagus, estão dotadas de um elevado número de espaços comerciais, parques de estacionamento e ainda ligações a outros modos de transporte.
Hoje a FERTAGUS é responsável por mais de 100 mil deslocações diárias.
O contributo para a melhoria da qualidade de vida dos cidadãos é inegável: 46% dos clientes consideram hoje que têm mais tempo livre, 32% menos stress na viagem, e 44% maior flexibilidade.
O Índice Global de Satisfação dos clientes da Fertagus atinge 4,7 numa escala de 1 a 5. (Dados do Inquérito de Imagem e Qualidade de dezembro de 2022)
O grande desafio para o futuro consiste em continuar a demonstrar que o transporte público é uma alternativa de qualidade consolidando a posição de melhor e mais importante agente de Mobilidade da Península de Setúbal e caminhando para uma cada vez melhor articulação com os restantes operadores de transportes, num sistema que se constitua como a mais eficaz alternativa ao transporte individual, incluindo as deslocações internas à própria Península de Setúbal.